Timpul necesar pentru refacerea florei intestinale variază de la caz la caz, în conformitate cu stilul de viata adoptat, alimentația și eventuale terapii medicamentoase asociate. Dietele bogate în fibre alimentare (prebiotice) acționează ca substrat energetic pentru microbiomul intestinal și susțin refacerea acestuia alături de probiotice. Probioticele reprezintă organisme vii din alimentație, alimente preparate prin fermentare, (murături, iaurt, chefir, varză acră, kimchi etc.) sau suplimente alimentare care contribuie la restaurarea microbiomului intestinal.
Dieta necorespunzătoare alcătuită în special din carbohidrați și grăsimi saturate determină apariția tulburărilor de permeabilitate la nivelul mucoasei intestinale, inflamația, alterarea metabolismului lipidic la nivel hepatic, steatoza hepatică si fibroza care în final poate evolua către un cancer al ficatului. Așadar, cercetările au demonstrat că regimul alimentar necorespunzător favorizează degradarea microbiomului și inflamația mucoasei intestinale. Atunci când procesul este inversat și persoana afectată trece sau revine la o dietă echilibrată, rezultatele pozitive nu întârzie să apară.